Το σχολείο μας κτίσθηκε το 1988. Στη συνέχεια τα δύο σχολεία, 12ο Γυμνάσιο Θεσσαλονίκης (με διευθυντή τον κ. Μπαρμπαλιό) και 16ο Γυμνάσιο Θεσσαλονίκης (με Διευθυντή τον κ. Αρβανιτίδη) μεταφέρθηκαν στο καινούργιο σχολείο από το κτίριο Καραμάνογλου, το οποίο τα φιλοξενούσε μέχρι τότε. Το 2007 κτίσθηκε και η νέα πτέρυγα, η οποία έδωσε τη δυνατότητα και τα δύο σχολεία να λειτουργούν στην πρωινή βάρδια. Κατά τη διάρκεια των ανασκαφών ανακαλύφθηκαν στα θεμέλια του κτιρίου ευρήματα της παλαιοχριστιανικής εποχής.